Работа с микрокернами FFPE: как выделить РНК из микроскопического образца и получить надёжный результат

Технология микродиссекции на основе микрокернов, реализованная в платформе MiniPunch (Excilone), позволяет выделять крошечные участки ткани из парафиновых блоков диаметром всего 200 мкм. Однако возникает закономерный вопрос: достаточно ли РНК в таком образце и можно ли её извлечь качественно для последующего анализа, такого как ПЦР или секвенирование?

Ответ на этот вопрос даёт экспериментальная работа, проведённая Golias и соавт. в 2025 году и опубликованная в журнале PLOS ONE (сравнение протоколов экстракции РНК из формалин-фиксированных парафинированных микрокернов). Исследователи сравнили пять коммерческих наборов для экстракции РНК, используя микрокерны диаметром 200 мкм, собранные с помощью платформы MiniPunch из тканей человека (желудок, матька) и мыши (печень, селезенка). Глубина образцов варьировалась от 450 до 600 мкм, что сопоставимо с объёмом материала, получаемым при прицельном заборе опухолевого очага.

Ключевые результаты исследования показали, что экстракция РНК из микрокернов принципиально возможна. Все протестированные наборы дали концентрацию РНК выше 1 нг/мкл, что достаточно для проведения количественной ПЦР. Однако эффективность наборов значительно различалась: разница в выходе РНК между лучшим и худшим набором в ткани печени достигала десятикратной величины. При оценке целостности РНК (показатель DV200) также наблюдались значительные различия.

Крайне важным для практической работы оказался вывод о том, что этап депарафинизации можно опустить. Авторы сравнили протоколы с депарафинизацией и без неё и обнаружили, что пропуск этого шага не повлиял ни на выход РНК, ни на результаты ПЦР. Это существенно упрощает рабочий процесс при работе на платформе MiniPunch, сокращает время и снижает риск потери и без того крошечного образца при многочисленных переносах.

Таким образом, исследование Golias и соавт. подтверждает, что микрокерны, получаемые с помощью платформы MiniPunch, являются полноценным материалом для молекулярно-биологического анализа. Главное условие успеха — правильный выбор набора для экстракции РНК и возможность работы без депарафинизации, что делает эту технологию ещё более доступной для рутинной лабораторной практики. Для лабораторий, внедряющих микродиссекцию на основе микрокернов, эта работа служит практическим руководством по выбору оптимального протокола.

Список литературы

1. Microdissection: insights and progress in the era of precision medicineRunning title: Microdissection in the era of precision medicine. Maxime Golias, Zuzana Krupova, Pierre Defrenaix, Marie-Françoise Heymann, Dominique Heymann, 6 December 2025