Выделение РНК из микрокернов FFPE: главные выводы исследования

Платформа MiniPunch (Excilone) позволяет получать микрокерны диаметром 200 мкм непосредственно из FFPE-блоков, что открывает новые возможности для изучения внутриопухолевой гетерогенности. Однако работа с такими микрообразцами ставит перед лабораторией вопрос: можно ли выделить из этого крошечного объёма ткани достаточное количество РНК для чувствительного молекулярного анализа?

Исчерпывающий ответ на этот вопрос даёт исследование, проведённое Golias и соавт. в 2025 году (опубликовано в журнале PLOS ONE). В своей работе авторы поставили цель систематически сравнить пять коммерческих наборов для экстракции РНК из FFPE-тканей, используя в качестве исходного материала микрокерны, собранные с помощью прибора MiniPunch. Для исследования были отобраны образцы из четырёх различных типов тканей (желудок и матка человека, печень и селезенка мыши), что позволило оценить влияние тканеспецифических факторов на эффективность экстракции. Глубина взятия микрокернов составляла от 450 до 600 мкм.

В ходе работы авторы оценивали три ключевых параметра: общий выход РНК, степень её фрагментации (показатель DV200) и пригодность для проведения количественной ПЦР. Результаты показали, что все протестированные наборы позволяют получить концентрацию РНК, достаточную для ПЦР (> 1 нг/мкл). Однако эффективность наборов сильно различалась. Например, в ткани печени разница в выходе между набором truXTRAC и Nucleospin достигала 10 раз. Наилучшее сохранение целостности РНК (наивысшие значения DV200) обеспечили наборы Quick-RNA и PureLink.

Одним из наиболее значимых практических выводов работы стало то, что этап депарафинизации, традиционно считающийся обязательным для FFPE-образцов, может быть пропущен при работе с микрокернами. Сравнение протоколов с депарафинизацией и без неё не выявило значимых различий ни по выходу РНК, ни по чувствительности ПЦР. Для пользователей платформы MiniPunch это означает возможность сократить время анализа, упростить протокол и минимизировать риск потери образца, что критически важно при работе с микроколичествами ткани.

Для валидации пригодности выделенной РНК для реальных диагностических задач авторы провели анализ методом ПЦР в реальном времени. Наилучшие и наиболее воспроизводимые результаты (стабильно низкие значения Ct) были получены с наборами PureLink, Quick-RNA и truXTRAC. Наборы Nucleospin и RNeasy, напротив, часто давали поздние или неопределяемые сигналы, что делает их менее предпочтительными для работы с микрокернами.

В целом, исследование Golias и соавт. служит важным практическим руководством. Оно не только подтверждает, что микрокерны, собранные с помощью MiniPunch, являются полноценным источником РНК для молекулярной диагностики, но и предоставляет чёткие рекомендации по выбору протокола экстракции. Возможность отказа от депарафинизации и использование оптимизированных наборов реактивов делают всю технологическую цепочку — от взятия образца до ПЦР-анализа — более быстрой, надёжной и адаптированной к потребностям рутинной лаборатории.

Литература

1. Microdissection: insights and progress in the era of precision medicineRunning title: Microdissection in the era of precision medicine. Maxime Golias, Zuzana Krupova, Pierre Defrenaix, Marie-Françoise Heymann, Dominique Heymann, 6 December 2025